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全長微生物多樣性測(cè)序是一種基于三代PacBio測(cè)序平臺(tái)的高通量測(cè)序技術(shù),它利用單分子實(shí)時(shí)測(cè)序(SMRT Cell)的方法對(duì)微生物的標(biāo)記基因(如細(xì)菌的16S rRNA基因、真菌的ITS區(qū)域)進(jìn)行全長測(cè)序。這種技術(shù)能夠提供更全面的微生物群落結(jié)構(gòu)信息,包括物種組成、基因功能和代謝通路等,從而更真實(shí)地還原樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)。
產(chǎn)品特點(diǎn)
1、覆蓋度廣、讀長長、通量高、物種注釋準(zhǔn)確:Pacbio全長微生物多樣性測(cè)序技術(shù)結(jié)合了一代Sanger測(cè)序的讀長優(yōu)勢(shì)和Illumina測(cè)序的高通量優(yōu)勢(shì),能夠?qū)⒓?xì)菌16S全長和真菌ITS全長完全測(cè)通,在細(xì)菌、真菌群落結(jié)構(gòu)分析中具有顯著優(yōu)勢(shì)。
2、超高準(zhǔn)確性:PacBio測(cè)序平臺(tái)CCS模式,minPasses≥5,能夠提供超高準(zhǔn)確性的測(cè)序結(jié)果。
3、種水平注釋:承諾注釋到“種”水平,種水平注釋平均注釋率≥60%,告別挑選測(cè)序引物的糾結(jié)時(shí)代,開啟種水平鑒定“新紀(jì)元”。
4、全長序列信息:全長序列中攜帶的特征信息更多,支持“種”水平的分辨率,避免了短讀長擴(kuò)增子的PCR引物選擇會(huì)影響推斷的群落準(zhǔn)確性和某些細(xì)菌類群的敏感性。
5、CCS擴(kuò)增子測(cè)序模式:結(jié)合DADA2軟件算法,可獲得單堿基/近零錯(cuò)誤率的全長rRNA基因序列。
6、更高的數(shù)據(jù)質(zhì)量:PacBio CCS自我矯正模式可獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。
7、更高的比對(duì)率:注釋到各分類水平的序列比對(duì)率更高。
8、更高的分辨率:16S全長序列分析到種分類水平。
結(jié)果展示
1.動(dòng)物組織>0.3g,核酸不豐富部位,例如脂肪、成熟皮膚、骨頭等部位建議增加送樣量。
2.動(dòng)物血液(哺乳類)>1mL;動(dòng)物血液(紅細(xì)胞有核類)> 0.5mL,血清血漿需酌情增加送樣量。
3.唾液>4mL。
4.菌液(對(duì)數(shù)生長期)>4mL;菌體:對(duì)應(yīng)菌液離心后菌沉淀30-50μL;真菌菌絲>0.5g。
5.土壤:固體2g,液體2mL。
6.糞便、腸道內(nèi)容物、食糜≥1mL(離心管刻度);瘤胃液>2mL,胃液有渾濁,離心送沉淀為佳。
7.水體(濾膜):直徑4cm,濾膜3張,如果菌群豐度較低,建議增加送樣量。
8.拭子>4個(gè),拭子表面有明顯顏色變化,達(dá)到富集微生物的目的。
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